W niewielkim pokoju budzi się starszy mężczyzna. Nie pamięta, jak się nazywa, kim jest ani co robi w tym pokoju. Nie wie nawet, czy jest więziony – czyżby drzwi były otwarte i w każdej chwili mógł wyjść? Dręczy go niejasne poczucie winy, z drugiej zaś strony jest przekonany o tym, że padł ofiarą okrutnej niesprawiedliwości. Śledzimy każdy jego ruch, towarzyszymy mu we wszystkich, najbardziej intymnych czynnościach. Na biurku znajduje stertę fotografii i stary manuskrypt, wstrząsającą historię innego więźnia, jego alter ego z innej epoki i z innego kraju. Te fotografie, ten manuskrypt oraz odwiedzające go osoby, skądś znajome, to jedyne tropy, które mogą mu pomóc w rozwikłaniu zagadki jego tożsamości. Dowiaduje się też, że ma na sumieniu potworne zbrodnie i teraz wielu domaga się dla niego surowej kary, czyha na jego życie ... W Podróżach po skryptorium, klaustrofobicznym studium izolacji i starości,Auster, ukazując dzień z życia swego zagadkowego bohatera, nie rezygnuje z dwuznaczności i trzyma czytelnika w napięciu do ostatniej chwili. Ta podszyta metafizyką, alegoryczna opowieść o kondycji pisarza, bolączkach jego egzystencji i zaskakujących konsekwencjach jego pracy jest lekturą obowiązkową dla wszystkich miłośników prozy Austera – odnajdą oni w Podróżach po skryptorium aluzje do wielu jego wcześniejszych powieści, choćby Trylogii nowojorskiej czy Nocy wyroczni.