Zarządzanie niepubliczną jednostką oświatową to sprawa trudna i złożona. Wiąże się ono nie tylko z licznymi obowiązkami organu prowadzącego, ale także wszystkich jej pracowników, począwszy od dyrektora, przez księgowość, kadry, a kończąc na personelu pedagogicznym i niepedagogicznym. W przeciwieństwie do jednostek publicznych, te niepubliczne nie mają z reguły wsparcia w postaci licznego, wykwalifikowanego personelu urzędu gminy, bądź powiatu, pomagającego rozłożyć ciężar licznych obowiązków. Często pozostawione są ze swoimi problemami bez pomocy. Mimo tego przepisy prawa stawiają im surowe wymagania, których niespełnienie jest czasem równoznaczne z ich likwidacją. Regulacje te są na dodatek niejednoznaczne, niejednokrotnie w gąszczu przepisów dotyczących oświaty publicznej jednostki niepubliczne muszą doszukiwać się tych przepisów, które są wiążące również dla nich. Często powstają wątpliwości, czy należy stosować przepisy ogólne, czy też lepiej dostosowywać na potrzeby oświaty niepublicznej przepisy przewidziane dla szkół i placówek publicznych, co dotyczy przykładowo odpowiedniego stosowania niektórych zapisów Karty Nauczyciela.