"Prymasa" rozpoczyna scena uprowadzenia Kardynała Wyszyńskiego z Pałacu Prymasowskiego. Równocześnie z więzienia w Rawiczu zostaje zabrany więziony tam za nauczanie religii ksiądz Stanisław, a z więzienia w Grudziądzu współpracująca ze strażnikami, zastraszona zakonnica Leonia... Oboje będą stanowić swoistą "świtę" Prymasa w miejscu odosobnienia w Stoczku Warmińskim. Podsłuchiwany i szpiegowany Kardynał, manipulowany przez Komendanta, ma się załamać. Plan władz PRL zawiera także drastyczniejsze środki... Prymas próbuje zrozumieć dramatyczną sytuację, w której się znalazł on, Kościół Katolicki i cała Polska. Nie ocenia, nie szuka winnych...