Noc ciemna zawiera opis trudnego doświadczenia, jakim jest proces głębokiego oczyszczenia duszy. Autor omawia także sytuację człowieka zanurzonego w tym Bożym działaniu oraz jego skutek w postaci kontemplacji wlanej. Tematem księgi pierwszej jest "noc bierna" i przejście od medytacji do kontemplacji, natomiast księga druga mówi o "nocy ducha".